Discovery Studio Simulationでディープラーニングモデルを活用したタンパク質集合構造の予測

タンパク質構造はダイナミックであり、生物学的機能を理解するには複数のコンフォメーション(立体構造)を予測することが重要です。
AlphaFoldやOpenFoldのようなディープラーニングモデルは構造生物学に革新をもたらしましたが、これらの能力をさらに向上させるにはどうすればよいのでしょうか?

この動画(日本語吹き替え)では、多重配列アラインメント(MSA)の新しいサブサンプリング戦略について解説します。この手法では、進化的に関連する配列をクラスタリングし、直接結合解析(DCA)を活用することで、AlphaFoldのようなモデルを特定のコンフォメーションへと誘導します。さらに、この手法をDiscovery Studio Simulationでさまざまな生物学的システムに適用し、予測されたコンフォメーションが既知の機能的コンフォメーションとどのように一致するかを検証した事例をご紹介します。

ウェビナーの見どころ:

・Discovery Studio Simulation の新しい「Protein Conformation Search」プロトコルを紹介
・AlphaFold2 を活用してタンパク質の複数のコンフォメーションを予測する方法を解説
・AlphaFold2と分子動力学(MD)シミュレーションの相乗効果を探る
・「Protein Conformation Search」を変態タンパク質に適用する方法を紹介

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